Die erste finnische Auslandsvertretung in der Hansestadt begann ihre Tätigkeit im Jahre 1918, als ein von der Botschaft in Berlin bevollmächtigter Mitarbeiter die Leitung des Amtes übernahm.
Bis zum Jahre 1925, als das Generalkonsulat offiziell in Hamburg gegründet wurde, wurde die Vertretung von einem Sekretär, einem Honorarkonsul und zuletzt von einem gesandten Konsul geleitet. In den 30er Jahren wechselten sich Konsuln und Generalkonsuln als Leiter des Konsulats ab.
In der Zeit vom 31.12.1939 - 31.9.1940 blieb das Konsulat geschlossen, bis seine Tätigkeit dann am 4.9.1944 nach Abbruch der diplomatischen Beziehungen der Länder vollkommen eingestellt wurde. Während des Zweiten Weltkrieges waren sämtliche Honorarkonsulate in Deutschland, einschliesslich der annektierten Gebiete, dem Generalkonsulat in Hamburg unterstellt.
Im Mai 1950 nahm die Auslandsvertretung in Hamburg ihre Tätigkeit zuerst als Zweigstelle der Handelsvertretung in Frankfurt, später Köln, wieder auf. Als Leiter der Vertretung wurde anfangs ein Kanzleibeamter, später ein Vizekonsul und ab 1961 ein Generalkonsul ernannt. Als Finnland und Deutschland 1973 wieder diplomatische Beziehungen aufnahmen, bekam die Vertretung auch offiziell wieder den Status eines Generalkonsulats.
Im Laufe der Jahre hat sich der Amtsbezirk des Generalkonsulats geändert. Nach dem Beschluss des finnischen Aussenministeriums vom 29.9.1999 umfasst der jetzige Bezirk die Bundesländer Hamburg, Bremen, Schleswig-Holstein, Niedersachsen und Mecklenburg-Vorpommern. Darüber hinaus unterstehen dem Generalkonsulat fünf Honorarkonsulate im norddeutschen Raum: Kiel, Lübeck, Bremen, Hannover und Rostock.
