Hampurin Suomen edustuston toiminta alkoi vuonna 1918, jolloin Berliinin lähetystön valtuuttama ensimmäinen virastonhoitaja aloitti työnsä.
Seuraavana vuonna nimitettiin ensimmäinen pääkonsulin arvonimeä käyttävä henkilö. Arvonimen käyttöä ei kuitenkaan ulkoasiainministeriön puolelta hyväksytty, koska Hampuriin ei oltu vielä perustettu pääkonsulinvirastoa. Vuoteen 1925 saakka Suomen asioita Hampurissa hoiti ensin konsulinviraston sihteeri, sitten kunniakonsuli ja lopuksi lähetty konsuli. Vuonna 1925 edustusto muutettiin pääkonsulinvirastoksi. 1930- ja 1940-luvuilla edustusto toimi sekä pääkonsulin että konsulin johtamana virastona vuoteen 1944 saakka.
Pääkonsulinvirasto lakkautettiin 31.12.1939 - 31.9.1940 väliseksi ajaksi ja suljettiin kokonaan 4.9.1944, kun Suomi oli katkaissut diplomaattiset suhteet Saksan kanssa. Toisen maailmansodan aikana Hampurin pääkonsulinvirastolle oli alistettu kaikki Saksassa olevat, mukaan lukien Saksaan liitettyjen alueiden kunniakonsulinvirastot. Vuonna 1918 tapahtuneen perustamisen jälkeen pääkonsulaatin toiminnassa on ollut vain nämä kaksi, toisen maailmansodan loppuvaiheeseen ja heti sodan jälkeiseen aikaan, ajoittuneet katkokset.
Toukokuussa 1950 edustuston toiminta aloitettiin sodan jälkeen uudelleen Frankfurtin ja sittemmin Kölnin kaupallisen edustuston toimipaikkana (Zweigestelle). Edustuston päällikkönä toimi ensin kanslisti ja myöhemmin varakonsuli. Kun Suomi ja Saksan liittotasavalta olivat solmineet normaalit diplomaattiset suhteet vuonna 1973, nimitys muutettiin pääkonsulinvirastoksi. Vuodesta 1961 päällikön arvonimenä on ollut pääkonsuli.
Edustuston toimipiiri on vuosien mittaan vaihdellut. Ulkoasianministeriön 29.9.1999 tekemän päätöksen mukaan toimipiiri käsittää nykyisellään Hampurin, Schleswig-Holsteinin, Ala-Saksin ja Mecklenburg-Vorpommernin osavaltiot. Edustuston alueella Suomella on kunniakonsulaatit Bremenissä, Hannoverissa, Kielissä, Lyypekissä ja Rostockissa.
